Desde as suas primeiras atividades, que começaram em 1998, a Fundação procurou responder às necessidades educativas com que a sociedade portuguesa se deparava, sem se desvincular dos seus fins estatutários, contribuindo para a melhoria da qualidade da educação em Portugal.
Assim, em 2001, criou o Programa de Avaliação Externa de Escolas (AVES), como instrumento de apoio à autoavaliação. Este Programa inédito e pioneiro em Portugal tem-se mantido ao longo dos anos, dada a sua pertinência e qualidade e tem se mostrado uma ferramenta eficaz para a promoção de um ensino de qualidade, no apoio à autoavaliação e às ações de melhoria.
Ativo desde 1999, o Centro de Estudos Sociais da Fundação Manuel Leão, é um espaço vocacionado para a investigação e estudos com particular destaque para as áreas da formação, qualificação, educação, desenvolvimento social e avaliação, bem como a realização de seminários, colóquios e encontros de reflexão.